Narodil sa 28. apríla 1921 v Žiline. Bol mladším bratom P. Pia Ladislava Františka Čapkoviča, OFM. Do Rehole menších bratov – k františkánom – vstúpil 25. augusta 1936. Od roku 1941 študoval teológiu vo františkánskom bohosloveckom učilišti v Žiline. Rehoľné sľuby zložil 27. júna 1943, diakonské svätenie mu udelili 29. júna 1944 a za kňaza ho vysvätil 19. augusta 1945 v Nitre nitriansky sídelný biskup arcibiskup Msgr. ThDr. Karol Kmeťko.
Pôsobil v diecéznej pastorácii – po vysviacke ako kaplán, spovedník, katechéta a vychovávateľ vo Farnosti Trnava-Tulipán, v Malackách a od roku 1948 v Skalici. V Skalici bol aj správcom františkánskeho kláštora a katechétom v tamojšom gymnáziu. Po „barbarskej noci“ v apríli 1950 ho ponechali v skalickom kláštore, lebo mal celebrovať rannú svätú omšu. Nariadili mu však, že o predchádzajúcej noci nesmie nič hovoriť. Od roku 1957 bol kaplánom v Topoľčanoch a v roku 1959 sa stal správcom farnosti v Dolnej Krupej. Od roku 1987 bol na odpočinku Trenčianske Bohuslavice, kde vypomáhal v pastorácii. Bol sekretárom františkánskej Provincie Najsvätejšieho Spasiteľa.
Zomrel 22. júla 2010 v Trenčianskych Bohuslaviciach. Je pochovaný v Žiline.
Ako bohoslovec pôsobil od roku 1942 ako knihovník Krúžku svätého Bonaventúru žilinských františkánskych bohoslovcov. V rokoch 1943 a 1944 bol zasa redaktorom časopisu Františkánsky obzor, ktorý vydávali bohoslovci v rámci činnosti tohto krúžku.
Zo spomienok P. Alojza na likvidáciu kláštora v Skalici:
O likvidácii františkánskeho kláštora v Skalici som našiel v Štátnom archíve v Skalici uložené aj spomienky, ako ich vyrozprával po roku 1989 rehoľník, ktorý v Skalici po likvidácii aj zostal, najprv ako správca františkánskeho kostola a neskôr ako kaplán, už spomenutý P. Alojz Anton Čapkovič. Z nich vyberám:
„Ja som učil na gymnáziu a opravoval som testy. Bolo pred polnocou, keď zazvonil zvonček od brány, mali sme domáci telefón a ozval sa cirkevný tajomník Petrovič, že niečo má vybaviť úradne. Ja som mu na to povedal: ,Pozrite sa, v noci sa neúraduje,҆ a položil som slúchadlo. Potom o pár minút zvonili znovu a išiel tam páter Inocent. Ja som išiel do svojej izby, kde som pokračoval v opravách testov. No neprešlo ani štvrť hodiny, naraz niekto hlásil. Ako vnikli, kade vnikli, neviem. Boli tam príslušníci bezpečnosti, boli tam pomocníci bezpečnosti, milicionári, mali aj zbrane. Prvé čo bolo, vošli do mojej izby dvaja a povedali: ,Vy tu zostanete, nebojte sa,҆ ale všetko prehľadali. Počul som klopanie na izby, no nesmel som z izby vyjsť. Tak som sa obliekol, oni medzitým všetko prezerali, naraz prišiel ďalší do izby a pýtal sa: ,Kde je ten ďalší páter?҆ Bol to páter Jakub Vavrek – nebol v izbe, zmizol, počul ten hrmot, tak sa schoval. Lenže oni siahli do postele a povedali, že posteľ má teplú. Po štvrť hodine páter prišiel, schoval sa na chóre. Všetci sa zbalili, Povedali: ,Zoberte si len najpotrebnejšie veci, za tri dni sa vrátite.҆ Keďže som bol stále v izbe, nevedel som, čo sa inde odohralo, tak po pol druhej hodine všetko bolo už preč, zostal som sám medzi nimi v izbe. Doniesli mi kľúče od predstaveného, aby som otváral dvere. Ja hovorím: ,Ja tie kľúče tak poznám ako vy.҆ Ja som bol len normálny páter, učil som na škole, nemal som vedomosti, od čoho kľúče sú. Tak si potom chodili sami otvárať a našťastie bol tam jeden taký slušný z VB, povedal som mu, že si musím odpočinúť, mám ísť aj do školy, aj svätú omšu mám ráno a treba ráno zazvoniť. Povedal: ,Ja vám ráno zazvoním.҆ Tak mi zvonili, tri dni mi zvonili, tri dni som slúžil sväté omše, lebo som sa nesmel ani pohnúť. V kláštore som zostal z rehoľníkov úplne sám. Keď mi zazvonili na omšu povedali mi, môžete ísť slúžiť, ale nesmiete ani slova povedať. Tam boli ešte sestričky vedľa kláštora v Štýbori (tak sa nazýval miestny starobinec) tie chodili na svätú omšu, ale keď som dával sv. prijímanie tak som pošepkal prestavenej: Príďte do sakristie ako na spoveď. Tam som jej potichu povedal čo sa stalo, že nás zobrali a ostal som sám. Keď som skončil svätú omšu, zavolal som do školy riaditeľovi, že dnes nemôžem prísť učiť. To bol piatok (zobrali nás zo štvrtka na piatok), zostal som potom v kláštore vo svojej izbe. Čo robili: Aj v habitoch behali, poobliekali si habity v kláštore, v pivnici vínko popíjali, bol tam hurhaj. Zaujímavé bolo, že neboli násilní. Však čo sme mali robiť. Oni mali so sebou aj zbrane, mysleli si, že s nimi budeme bojovať. V kláštore som ostal od piatku do nedele. Potom mi povedali, že tam nemôžem zostať: ,Pôjdete na faru.҆ Tak som išiel na faru. Bol tam vtedy dp. Kezmayer, neprijal ma nijak moc milo, ale keď videl, aká je situácia, potom súhlasil. Mal som na starosti kláštorný kostol a filiálky. Kláštor ohradili od kostola. V kláštore bola krásna knižnica, ktorej obsah popísal františkán P. Vševlad Gajdoš (7), boli tam cenné knihy, asi po dvoch, po troch týždňoch knižnicu odvážali. Nemali úctu k literatúre. Potom som už žiadny styk s františkánmi nemal. Stretol som sa s P. Emilom (Masárom), lebo ten potom prišiel na krátku chvíľu aj do Skalice. Keď p. farára dali do dôchodku (ten bol sústredený v Močenku, menovali tam P. Cubínka, ďalšieho františkána, ten pôsobil ako správca fary v Skalici do roku 1960, potom bol preložený do Sv. Jura a tam bol 30. decembra 1965 na fare zavraždený za dodnes neobjasnených okolností), on učil miesto mňa potom na gymnáziu. 14. apríla som dostal hneď menovanie z biskupského úradu za správcu kláštora. V Skalici som bol až do r. 1957.“
Potiaľ spomienky P. Čapkoviča, ktorý potom pôsobil krátko ako kaplán v Topoľčanoch a ako správca fary v Dolnej Krupej. Na dôchodku žil v Trenčianskych Bohuslaviciach. (8)
